就学指定校が決定されただけでは、就学する学年は決定しない。当然、学齢到達時は小学校・小学部の第1学年に就学することになるし、小学校・小学部卒業時にも通常は中学校・中学部の第1学年に就学することになる。しかし、本人の年齢や学歴によっては、学校の途中の学年からの入学になる場合がある。
入学する学年を決定する権限を持つのは校長であるが、教育委員会によっては一律に年齢や学歴を基準に学年を定めていることもある。
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多くの公立小学校・中学校や教育委員会では、「年齢相当学年」という概念に基づいて学年を決定するが、絶対的なものではなく、場合によってはより低い学年を指定される場合もある。また、日本語能力が不十分な人の場合、学籍上は年齢相当学年にして、実際には下の学年で授業を受ける（通級）という変則的な取り扱いがなされる場合もある。年齢相当学年については「年齢主義と課程主義」の項目を参照。
特別支援学校の場合は、これほど年齢によって束縛されていない。